La problemática en general del sector agropecuario, se manifiesta en forma resumida:
A. Estructura productiva, Organización y Mercado
Más del 80% de los agricultores son pequeños minifundistas y pequeños agricultores y tienen una oferta atomizada de sus productos. Situación que debe revertirse si se quiere una mayor eficiencia y rentabilidad de los cultivos, mediante extensiones más grandes que justifiquen la aplicación de tecnologías avanzadas, tanto en el manejo agronómico como en el manejo de maquinaria agrícola.
Hay un limitado uso de maquinaria agrícola en las unidades de producción. Escasa utilización de energía eléctrica en las unidades de producción. Casi no existe capacitación para el uso de energía mecánica para los agricultores. Los implementos agrícolas de propiedad del productor son generalmente tradicionales. Uso de Insumos baratos, por la falta de recursos, que ocasiona bajos rendimientos.
Desorganización de los agricultores por la desactivación de la Organización Nacional Agraria. Las asociaciones de productores por lo general se muestran débiles, están desunidas y tienen mucha desconfianza. Demandan asesoría para fortalecerlos.
No existe un plan de cultivos que permita una mejor racionalización de la producción. En ciertos períodos hay sobreproducción. No existe manejo post cosecha y si lo hay es deficiente porque los productos se embalan en malas condiciones. Necesidad de darle un mayor valor agregado a la producción agrícola, a través de un proceso agro industrial, (lavado, encerado, etc.), lo que generaría más empleo y otras industrias paralelas (envases, embalajes).
Se observa a pequeños propietarios de ganado ovino y caprino que realizan la crianza trashumante exponiendo la salud de los pastores y de sus hijos. La calidad genética del ganado caprino, ovino, porcino, vacuno y animales menores que poseen los pequeños productores, no son buenas. Mayormente cuentan con animales criollos y cruzados con razas mejoradas. Se observa promiscuidad en la crianza, lo que se traduce en una elevada consanguinidad que afecta la performance reproductiva de las especies domésticas. La baja calidad del ganado no permite mayores niveles de calidad agroindustrial en este rubro, restándole competitividad.
La producción agroindustrial tiene un desarrollo incipiente y artesanal. Por ejemplo, los lácteos se producen con tecnologías tradicionales generando bajo rendimiento. Marcada desaceleración y estancamiento de la producción manufacturera. La ausencia de un criterio administrativo empresarial y el consabido problema de la comercialización, afecta las actividades pecuarias. Para llevar sus productos al mercado dependen de los intermediarios transportistas, los que logran grandes utilidades sin arriesgar su capital.
B. Infraestructura y servicios básicos de soporte
Hay escasa inversión pública y privada para mejorar la actual infraestructura productiva. Canales de conducción y distribución de agua. Demandan un inventario más exacto. Escasa disponibilidad del recurso hídrico del río en época de estío. Es casi total la ausencia de canales revestidos y de estructuras hidráulicas de concreto. En su mayoría los canales son de tierra y las estructuras son provisionales empleando diferentes materiales.
No existen obras de regulación en la cuenca ni se realiza una explotación intensiva de agua subterránea. No está muy difundido en los valles el riego localizado de alta frecuencia. Mal manejo de los recursos hídricos que se evidencia en la abundante agua de retorno o recuperación, así como en los problemas de drenaje y salinización. En época de estiaje se mantiene la costumbre de uso del agua en forma incorrecta, denominado adicional de agua, costumbre implementada en la década de los años 60 para garantizar riegos de cultivos importantes sin los pagos correspondientes.
Carencia de capacitación de las organizaciones de agua en los aspectos de gestión, administración y manejo de recursos hídricos. Escaso número de productores poseen equipos de bombeo. La eficiencia del pago de las tarifas de agua es muy baja, generando desfinanciamiento y problemas operativos a las organizaciones de usuarios de agua, dado que estos recursos económicos son para el mantenimiento y rehabilitación de los sistemas de riego y drenaje.
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